二十四年二月洪秀全与冯云山等人外出传播拜上帝教，到英德、浛洸、阳山、连山等地，并在八排瑶南岗排留下一些手写小册子给当地塾师分发众人，后经寨岗到广西。三十年四五月 拜上帝会部众6000余人，先后在英德县浛洸及清远县滨江、潖江等地活动，袭击官兵。

顺治四年(1647年，南明永历元年)正月清兵攻陷清远县城。七月十六日，明臣都指挥使白常灿(清远县人)，率部收复清城并斩杀知县。九月十九日，清兵再度攻打清城，明守军无一人屈服。清兵进行屠城，杀戮2万余人(一说4万人)，民国版《清远县志》注:2万人为兵，2万人为居民。

洪武元年(1368年)明征南将军廖永忠会同赣州卫指挥使陆仲亨等进取广东，占领英德、连州和清远各地，遂引兵会广州。元守臣何真降，广东平定。是年改广州路为府，清远县属广州府。二年英德州降为英德县，阳山县并入连山县，统属广东行中书省(布政使司)韶州府。三年九月废连山县，复置阳山县，属广州府

至元十五年(1278年)改英德府为英德路，治所称英德总管府，属江西行省广东道。同年程山县复称连山县，并移连州治于连山县，连山成为连州的倚郭县。十七年废连州安抚司，升连州为路，设立总管府(治在连山)，属江西行省。

建炎三年(1129年)清远知县首次编修《清远县志》(已佚)。绍兴二年(1132年)四月都统制岳飞奉诏讨伐曹成，自广西桂岭经连山追至连州。后曹成败走入湘。三年江淮招讨使岳飞在英州等地讨伐盗兵有功，补授英州刺史。六年 连山县降为连山镇。

乾德二年(964年)即南汉大宝七年九月，北宋防御使潘美等率师攻克郴州，随即分兵攻连州。十月，以内常侍邵廷琄率舟师屯洸口以拒宋，潘美等引兵退。三年九月，宋遣潘美发10州兵伐南汉，攻下富州、贺州。十月，取韶州、桂州。十一月，克连州，南汉退保清远。

后梁贞明三年(917年)刘龑据广州称帝，建立南汉国，改广州为兴王府，清远、浈阳、浛洭3县属之。南汉乾亨四年(920年)于浈阳县设英州，领浈阳一县。南汉乾和七年(949年)南汉主刘晟出巡英州，游碧落洞，命侍臣钟允章(南海人，翰林学士)撰《碧落洞天盘龙御室记》(该洞及石室均为刘所命名)。

武德元年(618年)熙平郡守区泽(连州人)举郡附唐。四年撤销熙平郡，在桂阳县复置连州，领桂阳、连山、阳山3县，属江南道。五年在含洭县地复置洭州，领含洭、贞阳、翁源3县。六年 撤销政宾县并入清远县，属广州。

开皇年间(581~600年)清远县始建学宫(又名孔庙、文庙)，为儒学教官的衙署所在。​开皇九年(589年)废始兴郡，改东衡州为韶州，浈阳县属之。十年 废清远郡及其所属的中宿等5县，置清远、政宾县(今清新县滨江一带)，隶属广州。

南朝宋泰始三年(467年)改浈阳县为贞阳县。四年 在今连州城东建慧光塔，造型优美，斗拱平面六角九层，空心可登，高45.5米。六年 在贞阳县西60里置冈溪县，割始兴郡之桂阳、阳山、冈溪、含洭4县立宋安郡(治在桂阳);始兴郡仍领贞阳、中宿、曲江、始兴4县，二郡同属湘州。