一、道教
　　魏晋期间，道教开始正式传入市境，代表人物江苏道士葛洪在留止广东期间，多次到清远峡山、金芝岩、英德碧落洞等地采药、炼丹、弘道(三地均有炼丹遗址)。
　　东晋末年，信奉五斗米道的孙恩、卢循农民起义军在占据广州五年期间，力促道教在岭南的传播，清远峡山、连州福山因山水灵秀，被列为道家仙山七十二福地中的第十九和第四十九福地，与罗浮山泉源第三十四福地并称为广东三大福地。
　　南朝梁代，连州保安廖村人廖冲(道名清虚)在福山建清虚观，为市境人兴建的第一座道观。
　　唐朝后期，一些道士携带经书进入连阳少数民族地区进行法事活动，使汉传道教仪规与当时壮、瑶民族以巫祝和祖先崇拜为主要内容的原始民间信仰相结合，形成瑶传道教和壮传道教。
　　明朝，除英德大湾创建金山祖庙外，道教宫观建设几乎全部停止，且原建庙宇也失修，道教开始走向衰落。
　　明景泰七年(1456年)，连州清虚观被改为佛教福山寺;明崇祯四年(1631年)，阳山玉虚宫(北帝庙)被改建为佛教北山寺。
　　清末民初，道教有慢慢活跃趋势。新中国成立初期，部分道教组织以封建迷信愚弄欺骗群众，或为反革命组织利用，被列为反动会道门先后被取缔。此后各地道教活动基本停止。
　　改革开放后，市境道教活动逐步恢复，随着党的宗教信仰自由政策的贯彻落实，宗教房产陆续归还宗教团体。根据信众的要求，报请政府宗教事务管理部门批准，20世纪90年代起相继恢复和开放清新太和洞桃源仙观、明霞洞仙观，清城龙塘北帝庙，英德连江口江口咀庙、英城马口西庙、大湾金山祖庙，连州保安福山清虚观。
　　2003年，全市道教活动场所共有7处，教职人员21人，信众2000多人。

二、佛教
　　南北朝时，佛教开始传入市境。
　　南朝宋泰始四年(468年)兴建、泰始七年建成开光的连州净慧寺(慧元)塔，为市境最早的佛教建筑，创立时间比南华寺还早35年。
　　南朝梁普通元年(520年)、中大通五年(533年)，又相继创立峡山飞来寺和英德南山果业寺，南朝梁武帝萧衍亲自为峡山飞来寺赐额“至德”。西域梵僧求那跋陀罗、菩提达摩以及隋代僧灿、唐代惠能、鉴真等均先后到飞来寺演法开示(今遗有狮子石、达摩石等)。
　　唐代和平昌盛，寺院建设、僧尼及信徒之多达到历史高峰。宋代，佛教还在民间不断扩大影响，元末开始消沉停滞。
　　至明、清，由于天主教、基督教相继传入，佛教渐趋衰落。此后，佛教在民国时期、新中国成立后，也未曾兴盛，20世纪60年代“文化大革命”期间一度被迫停止正常活动。
　　改革开放后，重申宗教信仰自由政策，市境佛教逐渐恢复发展，先后收回、修复和开放清远飞来峡飞来寺，英德英城观音岩、南山圣寿寺，阳山阳城北山寺，清城东城兴复隆寺，清远飞来峡紫竹林，连州山塘古华寺，英德黎溪丰咸古寺。
　　2003年，全市佛教活动场所共有8处，僧(居)50人，信众5789人。

三、天主教
　　明万历十八年(1590年)，意大利神父利玛窦从肇庆北上韶州传教，途中留下数名传教士在清远、英德一带传教，市境从此有了天主教，之后，天主教相继传入阳山、连州等地。
　　晚清时期，连阳(即今连山、连南、连州、阳山)和英德各地的天主教组织均由巴黎外方传教会建立。
　　民国8年(1919年)，佛冈县石角镇石溪村建成天主堂。
　　民国14年，英德在连江口火车站北侧山腰建天主堂一座，成为广州、韶关、连州等地教会人员来往的中转接待站。
　　民国22年，连州教堂扩建神父楼，同时将旧圣堂拆除后改建为哥特式建筑，成为粤北地区规模最大的天主教堂。天主教先后在连州、清远、阳山创办小学，并在连州创办麻风病院，收治麻风病人。
　　民国38年，连州天主教堂秘密成立“圣母军”组织，企图对抗中国共产党领导下的人民解放运动，1950年公开进行反革命活动，被人民政府取缔，多名骨干被判刑或送劳教，滞留连州、英德等地的外国神父或被驱逐出境，或先后返回原籍。
　　1951年，连州、英德、连南、阳山等地天主教房产由人民政府统一接管，教活动停止。
　　改革开放后，随着宗教房产政策逐步落实，市境天主教活动开始恢复。
　　1985年，连县和英德县先后成立天主教爱国会筹备组，并于1986年9月23日、1990年2月28日分别在英德、连县正式成立天主教爱国会。
　　1997年10月，清远天主教堂正式复堂。当年，英德天主教爱国会新建教堂落成。
　　1998年10月28日，清远市天主教爱国会成立。
　　2003年，全市经批准开放的天主教活动场所共有3处，教职人员2人，信众1100多人。

四、基督教
　　清同治十一年(1872年)，美籍牧师那夏礼到连州、连南等地传教，市境从此有了基督教活动。
　　清光绪四年(1878年)，基督教发展到清远，在清城东门街租屋开办福音堂；光绪六年发展到英德，在望埠创立教堂。
　　光绪十二年，美籍传教士到连南三江镇东门外购旧房建福音堂，并附设医务所，借行医进行间接传教，开启了连州、连南的西医发展之路。
　　民国16年(1927年)，先后成立英德县浸信教会、英德循道会、清远复临安息日会、清远水上福音船传道会、英德信义会、清远神召会、清远信义区会。
　　民国20年，邓小平、张云逸率红军从广西向江西中央苏区转移途经连县时，连州教会惠爱医院主动免费收治200多名红军伤病员。
　　抗日战争时期，清远县神召会配合国际红十字会在清城上濠基建立战伤救护所，收治伤病员，在石潭、沙河、龙颈等地设立难童收容所收留、救济战争难童。
　　新中国成立后，各地基督教组织成为广大信教群众民主管理的人民团体，英德、连县、清远先后成立基督教协会和基督教“三自”(自治、自传、自养)爱国运动委员会。
　　“文化大革命”期间，基督教堂及其附属设施被强行挤占，宗教活动被迫停止，大批宗教界人士和神职人员受到错误批判和无理迫害。
　　改革开放后，从1979年起，“文化大革命”中被错误批斗的基督教界人士和神职人员陆续得到平反并恢复了名誉。
　　1981年始，清远、英德、连县等地先后恢复基督教组织和宗教活动，并建立起固定的宗教活动场所。
　　1988年5月，清远市基督教“三自”爱国运动委员会成立，各地先后恢复维修开放一批教堂。
　　2003年，全市基督教活动场所共有25处，教职人员65人，信众7201人。